En 1902, Colombia y Cuba iniciaron relaciones diplomáticas, las cuales se rompieron por primera vez el 9 de diciembre de 1961, con restablecimiento pleno el 6 de marzo de 1975. Casi seis años después, el 23 de marzo de 1981 hubo una segunda ruptura de relaciones, hasta el 19 de Julio de 1991, fecha en que se restablecieron a nivel consular. El 20 de noviembre de 1993 ambos Gobiernos decidieron elevar las relaciones a nivel diplomático.

La relaciones con Cuba son de primera importancia, no sólo por el peso preponderante que tiene en la región Caribe, de la cual es líder natural, sino por el papel político que históricamente ha jugado en el hemisferio en más de cinco décadas.

En coyunturas específicas el gobierno de Cuba ha sido facilitador en los diálogos de paz que el gobierno de Colombia ha realizado con grupos armados de izquierda.

Colombia y Cuba suscribieron un Acuerdo de Alcance Parcial en La Habana el 8 de julio de 1994, sí como el Acuerdo de Complementación Económica No. 49 celebrado y un protocolo adicional, suscrito en Montevideo el 15 de septiembre de 2002, el cual se perfeccionó con la firma.

La Embajada de Colombia en Cuba se encuentra ubicada en La Habana.